എല്ലാ പൂജക്കും അതിന്റേതായ ചിട്ടവട്ടങ്ങള് ഉണ്ട്. അഹിതമായവ ചെയ്താല് ഏതു പ്രവര്ത്തിക്കും ഗുണഫലത്തിന് പകരം ദോഷഫലമായിരിക്കും ഉണ്ടാകുക. അതുപോലെ വിഷ്ണുപൂജയില് ചെയ്യരുതാത്ത ചില കാര്യങ്ങള് ഉണ്ട്. വിഷ്ണുപൂജ ഒരിക്കലും ഭക്ഷണത്തിന് ശേഷം ചെയ്യരുത്. രാവിലെ കുളിച്ചതിന് ശേഷം മാത്രം ചെയ്യുക.
പൂജയ്ക്കുള്ള പൂക്കള് മറ്റുള്ളവരില് നിന്ന് കടം കൊണ്ടതാവരുത്. സ്വന്തമായി വാങ്ങിയവയോ സ്വന്തം പറമ്പില് നിന്ന് എടുത്തവയോ ആകണം. അമ്പലത്തിലായാലും വീട്ടിലായാലും വിഷ്ണുപൂജയ്ക്ക് കാല് കഴുകാതെ പങ്കു കൊള്ളരുത്. മസാല, പുകയില, മിഠായി, ഭക്ഷണ പദാര്ത്ഥങ്ങള് എന്തുമായാലും അവ വായിലിട്ട് പൂജയ്ക്ക് പങ്കെടുക്കരുത്.
പൂജയ്ക്കുള്ള തിരി പരുത്തിത്തുണി കൊണ്ടുള്ളതാവണം. നൂല്ത്തിരിയും മറ്റ് വസ്തുക്കളും ഒഴിവാക്കുക. വിഗ്രഹത്തില് തൊടുമ്പോഴും എടുക്കുമ്പോഴും വലതു കൈ ഉപയോഗിക്കുക. പൂജയ്ക്കുപയോഗിക്കുന്ന പദാര്ത്ഥങ്ങള് പുതിയതായിരിക്കണം. ഒരിക്കല് ഉപയോഗിച്ചതിന്റെ ബാക്കി സാധനങ്ങൾ പൂജയ്ക്ക് ഉപയോഗിക്കരുത്.