ഗുരുവായൂരിലെ വിഗ്രഹം മനുഷ്യ നിര്മ്മിതമല്ല. വൈകുണ്ഠത്തിൽ നിന്ന് മഹാവിഷ്ണു ബ്രഹ്മാവിന് കൊടുക്കുകയും ബ്രഹ്മാവ് അത് സുതപസ്സിനും,സുതപസ്സു അത് കശ്യപനും കശ്യപന് അത് വസുദേവര്ക്കും വസുദേവര് അത് ശ്രീകൃഷ്ണനും,ശ്രീകൃഷ്ണന് അത് ഗോപികമാര്ക്കും കൊടുത്തു . പ്രളയ കാലത്തിനു മുന്പായി ഭഗവാന് ഉദ്ധവരോട് ഈ വിഗ്രഹം പ്രളയത്തില്പെട്ട് ഒഴുകി എവിടെ ആണോ എത്തുന്നത് അവിടെ പ്രതിഷ്ടിക്കാന് ദേവ ഗുരുവായ ബ്രുഹസ്പതിയോടു പറയണം എന്ന് പറഞ്ഞു ഏല്പ്പിച്ചിരുന്നു.
ഉദ്ധവര് അത് ബ്രുഹസ്പതിയോടു പറയുകയും അദ്ദേഹം അത് വന്നു അടിഞ്ഞ സ്ഥലത്ത് ആ കൃഷ്ണ ശിലാഞ്ജന വിഗ്രഹം പ്രതിഷ്ടിക്കുകയും ചെയ്തു .(ഇതാണ് ഗുരുവായൂര് മാഹാത്മ്യം )വായുവിന്റെ സഹായത്താല് ആണല്ലോ ആ വിഗ്രഹം കേരളത്തില് എത്തിയത് പ്രതിഷ്ടിച്ചതാവട്ടെ ദേവ ഗുരുവും… അപ്പോള് രണ്ടാളും കൂടി ചേര്ന്നാണ് അത് ഇവിടെ പ്രതിഷ്ടിത മാവുവാന് കാരണം… ഗുരുവും വായുവും ചേര്ന്ന് പ്രതിഷ്ടിച്ചതിനാല് ”ഗുരുവായൂര്” എന്ന പേര് വന്നു.ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രത്തിന് അയ്യായിരം വര്ഷം എങ്കിലും പഴക്കം ഉണ്ട് എന്നു വിശ്വസിക്കുന്നു.
ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രത്തെ പ്രതിപാദിക്കുന്ന ഏറ്റവും പഴയ കൃതി പതിനാലാം നൂറ്റാണ്ടിലെ തമിഴ് പുസ്തകമായ ‘കോകസന്ദേശം’ ആണ്, ഇതില് കുരുവായൂര് എന്ന് പ്രതിപാദിച്ചിരിക്കുന്നു. വില്യം ലോഗന് മലബാര് മാനുവലില് രേഖപ്പെടുത്തിയിരിക്കുന്നത് തിരുനാവായ കഴിഞ്ഞാല് പ്രാധാന്യം കൊണ്ടു രണ്ടാമതു വരുന്നതു തൃശ്ശൂര് ജില്ലയില് ചാവക്കാട് താലൂക്കിലുള്ള ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രമാണ്. തളര്വാത രോഗ ശാന്തിക്കു പുകള്പ്പെറ്റതുമാണ് ഈ ഹൈന്ദവാരാധന കേന്ദ്രം എന്നാണ്.
നൂറ്റാണ്ടുകളോളം കടന്നു കയറ്റക്കാരുടെ ആക്രമണത്തിനു വിധേയമായി. 1716ല് ഡച്ചുകാര് ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രം ആക്രമിച്ച് ക്ഷേത്രത്തിലെ വിലപിടിച്ച വസ്തുക്കളും സ്വര്ണ്ണക്കൊടിമരവും കൊള്ളയടിച്ച്.. വടക്കേ ഗോപുരത്തിന് തീവെച്ചു (ക്ഷേത്രം 1747ല് പുനരുദ്ധരിച്ചു). ആയിരത്തി എഴുനൂറ്റമ്പത്തഞ്ചില് സാമൂതിരിയുമായുള്ള യുദ്ധത്തില് ഡച്ചുകാര് തൃക്കുന്നവായ് ക്ഷേത്രം നശിപ്പിച്ചു. ഇവിടെ നിന്ന് ബ്രാഹ്മണര് പലായനം ചെയ്തു. പിന്നീട് സാമൂതിരി ഗുരുവായൂരിന്റെയും തൃക്കുന്നവായ് ക്ഷേത്രത്തിന്റെയും സംരക്ഷകനായി. ഈ ക്ഷേത്രങ്ങളിലെ മേല്ക്കോയ്മ സാമൂതിരിക്കായി.
1766ല് മൈസൂരിലെ ഹൈദരലി കോഴിക്കോടും ഗുരുവായൂരും പിടിച്ചടക്കി. ഗുരുവായൂര് ക്ഷേത്രം നശിപ്പിക്കാതിരിക്കാന് ഹൈദരലി 10,000 പണം കപ്പം ചോദിച്ചു. ഈ സംഖ്യ നല്കിയെങ്കിലും അരക്ഷിതാവസ്ഥയെ തുടര്ന്ന് ക്ഷേത്രത്തിലേക്കുള്ള തീര്ത്ഥാടകരുടെ എണ്ണം കുറഞ്ഞു. മലബാര് ഗവര്ണ്ണറായിരുന്ന ശ്രീനിവാസ റാവുവിന്റെ അഭ്യര്ത്ഥനയെത്തുടര്ന്ന് ഹൈദരലി ദേവദയ നല്കുകയും ക്ഷേത്രം നാശോന്മുഖമാവാതെ ഇരിക്കുകയും ചെയ്തു.
1789ല് ഹൈദരലിയുടെ മകനായ ടിപ്പു സുല്ത്താന് സാമൂതിരിയുടെ സാമ്രാജ്യം ആക്രമിച്ചു. മുന്പ് പല ക്ഷേത്രങ്ങളും ടിപ്പു സുല്ത്താന് നശിപ്പിച്ചിരുന്നു. ടിപ്പുവിന്റെ ആക്രമണത്തെ ഭയന്ന് മൂര്ത്തിയും ഉത്സവ വിഗ്രഹവും മല്ലിശ്ശേരി നമ്പൂതിരിയും കക്കാട് ഓതിക്കനും ചേര്ന്ന് അമ്പലപ്പുഴയിലേക്ക് കൊണ്ടുപോയി. ടിപ്പു
ക്ഷേത്രത്തിനു ചുറ്റുമുള്ള കോവിലുകള് നശിപ്പിക്കുകയും ക്ഷേത്രത്തിന് തീവെക്കുകയും ചെയ്തു. എങ്കിലും പെട്ടെന്ന് ഉണ്ടായ പെരു മഴയും തുടര്ന്നുണ്ടായ വെള്ളപ്പൊക്കത്തെയും തുടര്ന്ന് ക്ഷേത്രം രക്ഷപെട്ടു. പിന്നീട് 1792ല് സാമൂതിരിയും ബ്രിട്ടീഷുകാരും ചേര്ന്ന് ടിപ്പു സുല്ത്താനെ തോല്പ്പിച്ചു. തുടര്ന്ന് അമ്പലപ്പുഴയില് സംരക്ഷിച്ചിരുന്ന മൂര്ത്തിയും ഉത്സവ വിഗ്രഹവും 1792 സെപ്റ്റംബര് പതിനേഴിന് പുനസ്ഥാപിച്ചു.
